Grunnreglur mótefnavaka peptíðvals

Til þess að ná sem bestum árangri í mótefnamyndun er nauðsynlegt að hanna mótefnavaka peptíðið vandlega.
Hönnunin ætti að uppfylla grunnskilyrði: Meðan á ónæmisaðgerðinni stendur mun mótefnavakinn ekki framleiða of mikil ónæmissvörun, en á sama tíma getur hann framleitt mótefni með getu til að bindast próteininu sem vekur áhuga.
Þrátt fyrir að mótefnavakahönnun sé mjög flókið viðfangsefni með mörgum smáatriðum sem þarf að huga að, byggt á uppsafnaðri reynslu okkar, þá eru nokkrar helstu grundvallarreglur um hönnun sem hægt er að veita þér til viðmiðunar.:

Þegar nýtt rannsóknarverkefni er hafið er nauðsynlegt að skýra nokkra grunneiginleika próteinsins sem vekur áhuga, sérstaklega ef að vita uppbyggingu próteinsins mun hjálpa til við að velja auðkenningarsvæði sem mótefnið getur auðveldlega nálgast og þekkt. Hins vegar, ef ekki eru til slíkar nákvæmar upplýsingar um uppbyggingu (sem er aðallega raunin), hefur skilningur á tilgangi rannsóknarinnar áhrif á stefnu fyrir peptíðhönnun. Til dæmis: Ef rannsóknaráherslan er á mismunandi svæði próteinsins, td C-enda eða N-enda, eða próteinið í ákveðnu ástandi, eins og fosfórun o.s.frv., þá ætti fjölpeptíðið sem er hannað í samræmi við nauðsynlega röð og samsvarandi mótefni sem myndast ekki að eiga í miklum erfiðleikum með notkun. Hins vegar mun sköpulag próteinsins hafa áhrif á samspil mótefnisins og þekkingarsvæðis þess. Hugsanlegt vandamál í þessum aðstæðum er að ef í hinu samanbrotna próteini er auðkenningarsvæðið falið inni í próteininu, mun mótefnið ekki geta nálgast þetta svæði. (Get ekki haft samskipti).

Almennt séð ætti besta mótefnavakagreiningarsvæðið að vera vatnssækið, staðsett á próteinyfirborðinu og aflögunarhæft. Vegna þess að í flestu náttúrulegu umhverfi hafa vatnssækin svæði tilhneigingu til að einbeita sér að próteinyfirborðinu, en vatnsfælin svæði eru oft vafin inn í próteinið. Af sömu ástæðu geta mótefni aðeins haft samskipti við þekkingarsvæði sem finnast á próteinyfirborðinu. Þegar þessi auðkenningarsvæði hafa nægilega aflögunarhæfni til að færa sig í stöður þar sem mótefnið getur snert, munu þau hafa mikla sækni við mótefnið.

Samfellt svæði vísar til viðurkenningarsvæðis sem samanstendur af samfelldum amínósýruröðum. Flest mótefni beinast gegn samfelldum greiningarsvæðum. Hæfni mótefna til að bindast slíkum svæðum með mikilli sækni gefur til kynna að þessi röð sé ekki innan próteinsins. Ósamfellda auðkenningarsvæðið táknar fjölpeptíðröð með ákveðinni fellingu, eða auðkenningarsvæði mótefnis sem tengir tvö aðskilin fjölpeptíð saman. Í sumum tilfellum er einnig hægt að framleiða mótefni gegn slíkum ósamfelldum auðkenningarsvæðum, en mótefnavakafjölpeptíðið sem notað er til ónæmisaðgerðar verður að hafa aukabyggingu svipað og ósamfellda þekkingarsvæðið og lengd röðarinnar þarf að uppfylla viðeigandi kröfur.

Til að forðast hættuna á að auðkenningarsvæðið sé falið inni í próteininu mælum við venjulega með því að velja N, C samsvarandi mótefni sem framleitt er í báðum endum. Vegna þess að í ósnortnum próteinum, N, C. Báðir endarnir eru venjulega útsettir á próteinyfirborðinu. Hins vegar er mikilvægt að hafa í huga að himnuprótein C Endurinn er of vatnsfælinn og hentar ekki sem mótefnavaki.

Almennt mælum við með því að raðlengd mótefnavaka fjölpeptíðsins sé á milli 8-20 amínósýruleifar. Ef það er of stutt er hætta á að peptíðið verði of sérstakt og sæknin (bindingargetan) milli mótefnisins sem myndast og náttúrulega próteinsins verði ekki nógu sterk. Að sama skapi, ef raðlengdin fer yfir 20, er hægt að kynna aukabyggingar og framleidd mótefni geta misst sérhæfni. Þar að auki, því lengri sem peptíðkeðjan er, því erfiðara er að mynda hana, sem gerir það erfitt að fá háhreinar vörur.

Grundvallarreglur: Bætið burðarpróteininu við enda langt í burtu frá mótefnaþekkingarsvæðinu, sem er ekki innifalið í röðinni. Cys Ef um er að ræða N eða C enda plús Cys Ákjósanlegasta aðferðin fyrir kross-tengingu.

MacVecfor TM; DAN stjarna TM; PC-Gene TM